Селение Скрытого Листа/Коноха:
Наруто возвращается в Коноху после длительных тренировок с Джирайей и обнаруживает, что за время его отсутствия Селение Скрытого Листа сильно изменилось. Цунаде, даже став хокаге, не изменила своим привычкам, и из-за этого Коноха стала терять свой статус среди пяти стран шиноби. Хьюга Хиаши, нынешний глава клана Хьюга, решил, что так больше не может продолжаться. Первым делом он обратился к советникам с просьбой о переизбрании хокаге, но те остались глухи к его словам. Зато его идеей проникся глава "Корня" Данзо. Он смог убедить Хиаши, что единственный путь спасти селение - поднять вооруженное восстание. Используя подчиненных ему АНБУ, Данзо различными способами сумел убедить и еще несколько кланов принять участие в этом восстании. В итоге, жители Конохи оказались разбиты на два лагеря. Одни считали, что хокаге должна остаться Цунаде, другие поддерживали кандидатуру Хиаши. В начале все споры решались мирно, но несколько дней назад было совершено нападение на Хьюгу Ханаби, младшую дочь Хиаши. Причем все улики указывали на то, что действовал нападавший по приказу нынешней Хокаге. Этот случай подтолкнул Хиаши к более решительным действиям...
Селение Скрытого Песка/Суна:
На Пятого Казекаге, Гаару Пустынного, совершено нападение. Нападающий погиб, но успел заразить джинчурика неизвестным вирусом, разрушающим его тело. Этот вирус ослабил не только тело, но и сознание Гаары, из-за чего заключенный в нем биджу, однохвостый демон-енот Шукаку, начинает постепенно брать над ним контроль. Что бы ни причинить вреда, Суне Гаара уходит в добровольное изгнание в пустыню. Естественно, верные своему брату, Канкуро и Темари уходят вместе с ним. На пост Казекаге совет временно назначает Баки. Но тот не хочет мириться с тем, что его бывшие ученики обрекают себя на верную смерть. От неизвестных источников ему удается узнать, что один из подручных Орочимару, Кимимаро Кагуя, был заражен похожим вирусом, и, впоследствии, был практически полностью излечен главным медиком Ото Якуши Кабуто. За неимением другого выбора, Баки обращается за помощью к змеиному саннину...
Селение Скрытого Звука/Ото:
Три года уже почти прошли, и Орочимару готовится захватить тело Саске Учихи, но тот не намерен отдавать свое тело змеиному саннину, ведь тогда он не сможет отомстить своему брату. Решив, что Орочимару уже обучил его всему, чему мог, Саске решает покинуть его, но понимая, что просто так его никто не отпустит, он начинает искать союзников среди шиноби Ото...
В тоже время Орочимару продолжает строить планы по уничтожению Конохи, но в этот раз он решает заручиться поддержкой более сильного скрытого селения. Его выбор падает на Селение Скрытого Тумана. К удивлению самого саннина, Мизукаге добровольно соглашается помочь в уничтожении Конохи, но лишь при ответном одолжении - Орочимару должен позволить Саске самостоятельно покинуть Ото. Жажда мести оказывается сильее желания захватить тело младшего Учихи, и Орочимару соглашается, но, не желая отказываться от своих целей, саннин подсылает в группу Саске своего шпиона...
Селение Скрытого Тумана/Кири:
Мадара, который является правителем Кири - Мизукаге, заключает соглашение с Орочимару и его селением. Он начинает распускать слухи о том, что Коноха собирается напасть на Селение Скрытого Тумана, в связи с чем, он и объявляет военное положение в селении. Мадара начинает подговаривать советников Кири напасть на Коноху раньше, чем она нападет на них, но далеко не все готовы поверить этим слухам. Многие все еще считают Коноху хоть и неофициальным, но союзником Кири. Жители селения разделяются на два лагеря. Члены первого лагеря поддерживают Мадару в вопросе преждевременного нападения на Коноху. Члены второго лагеря противостоят им, считая, что даже если Коноха и собирается напасть на Кири, то во всем еще можно разобраться мирным путем. В Селении Скрытого Тумана начинается смута...
Преступная организация Акацки:
Вынужденное затишье заканчивается, и Акацки начинают действовать. Разбившись на группы, они отправляются на отлов джинчуриков. Но и среди них нет единства. Пока Мадара, преследуя лишь ему одному известные цели, пытается подобраться к Саске, находящемуся в логове змеиного саннина, Пейн, считающий себя новым богом этого мира, не намерен больше подчиняться Мадаре, скрывающемуся под маской незадачливого Тоби. В тайне ото всех, он начинает планировать покушение на основателя клана Учиха. Неожиданно для самого себя, он находит союзника в другом представителе клана Учиха - Учиха Итачи, который стремится уберечь своего младшего брата от влияния Мадары. Но их планы рушатся, когда на пороге логова Акацк появляется никому не известный шиноби, который украл кольцо пустоты у змеиного саннина. Сам удивительным для оказывается то, что этот шиноби называет Тоби своим сансеем...